Początki osadnictwa na tym terenie sięgają głęboko w przeszłość okresu plemiennego (epoka mezolitu i neolitu). Kumuluje się ono głównie wzdłuż dolin dużych rzek (Warty, Noteci) oraz ich mniejszych dopływów (dorzecze rzeki Kłodawki). Pierwsi ludzie zasiedlający ten teren związani byli z kulturami pucharów lejkowatych, amfor kulistych oraz kulturą łużycką i unietycką.

Okres wczesnego średniowiecza to okres bardzo burzliwy w dziejach omawianych terenów. Ziemie te były słabo zaludnione, z rzadka zamieszkiwała je ludność słowiańska z grup językowych pomorskiej i polskiej. Ścierają się tutaj wpływy dwóch plemion: Polan i Pomorzan. U ujścia rzeki Noteci do Warty, w Santoku funkcjonował gród pilnujący przeprawy na rzece. Przebiegał tędy ważny szlak handlowy z Krakowa, przez Skwierzynę, Szczecin na wyspę Wolin. Gród ten został prawdopodobnie założony przez Pomorzan w VIII wieku n.e.

Po podboju Pomorzan przez Bolesława Krzywoustego w 1124 roku, granica państwa polskiego ustalona została na rzece Noteć. W tym okresie Santok przeszedł w ręce Polaków stając się wg Galla Anonima „strażnicą i kluczem królestwa polskiego". Na początku XIII wieku granica ta przesunęła się dalej na północ w wyniku podbojów prowadzonych przez książąt wielkopolskich lub śląskich. Tereny Nadleśnictwa zostały włączone do kasztelani santockiej i w całości leżały na ziemiach polskich.

W połowie XIII wieku tereny te przeszły we władanie margrabiów brandenburskich, którzy utworzyli państwo Nową Marchię. W 1257 roku powstało miasto Gorzów (Landisberchnouam) założone przez Albrechta de Luge. W akcie lokacyjnym miasta Gorzów pojawia się po raz pierwszy nazwa Kłodawa, jako nazwa rzeki. W następnych latach margrabiowie dokonali przeniesienia wielu wsi z prawa polskiego na prawo niemieckie, zmieniając również ich nazwy. Kilka wsi zachowało jednakże rodowód słowiański, są to obok Kłodawy: Czechów, Gralewo, Santocko.

Na początku XIV wieku na obszarze, na którym gospodaruje Nadleśnictwo Kłodawa powstała filia klasztoru Cystersów, która otrzymała nazwę Locus coeli („niebiańskie miejsce") z siedzibą w Mironicach. Z opisu granic tej posiadłości wynika, że obejmowała ona większą część głównego kompleksu leśnego Nadleśnictwa Kłodawa, od Kanału Kłodawskiego, włączając Łośno po rzeczkę Łosinę, do pól Kłodawy. W 1389 roku dobra te powiększone zostały o tereny leśne na zachód od Kanału Kłodawskiego do Jeziora Gołębiego. W posiadaniu mnichów na opisywanym terenie znajdowały się również miejscowości Santocko, Chwalęcice, Małyszyn, Baczyna oraz jeziora Ściegienko, połowa jeziora Lubie i jeziora Lubieszewko, połowa jezior: Jezierzyckiego, Grabino i Santocko. Na tym obszarze Cystersi otrzymali pola uprawne i nieuprawne, lasy, wody, łąki, bagna, złoża srebra i soli. Margrabia na ich rzecz zrezygnował również z dochodów z młynów, rybołówstwa i myślistwa, rezerwując sobie pobór miodu z puszczańskich barci. Po najeździe polsko-litewskim, w czasie którego klasztor został zniszczony, margrabia Ludwik Rzymski w 1351 roku zwolnił mnichów od płacenia „ceł w lasach". Wnioskować z tego można, że lasy były przez Cystersów w jakimś stopniu eksploatowane.

Pozostałe tereny w zasięgu obecnego działania Nadleśnictwa, w tym również część wsi Kłodawa (38 łanów), w XIV wieku stanowiły w większości dobra rycerskie. Były to niewielkie majątki ziemskie, które często zmieniały właścicieli, niejednokrotnie przechodząc w zarząd mnichów z Mironic.

W okresie panowania Władysława Łokietka do Polski został sprowadzony zakon Krzyżaków, który miał udzielić nam pomocy w walce z Brandenburgią. Krzyżacy wypierając Brandenburczyków zajęli Pomorze Gdańskie oraz Nową Marchię, w której rządzili do 1454 roku. W czasie ich rządów nakładane były sankcje na inne, konkurencyjne zakony. Wyraźnie wtedy zmalała pozycja polityczna i ekonomiczna klasztoru w Mironicach. Stopniowo dobra klasztorne zaczęli przejmować okoliczni właściciele ziemscy i rycerze. Całkowity upadek klasztoru nastąpił w 1539 roku, kiedy to właścicielem majątku został margrabia Jan z Kostrzyna. W zabudowaniach klasztoru powstał urząd na czele którego stanął starosta książęcy.

Z tego okresu pochodzą pierwsze zapisy o użytkowaniu dóbr leśnych. Mieszkańcy Kłodawy mieli prawo korzystać z tzw. Mnisiej Puszczy (Münchheiden), która prawdopodobnie była częścią Wielkiej Puszczy. Za możliwość korzystania z lasu uiszczana była opłata urzędowi w Mironicach. Mieszkańcy mieli prawo trzymać i wypasać bydło w Münchheide, zbierać susz i drewno leżakujące. W 1556 roku margrabia Jan zastrzegł sobie korzystanie z wszelkiego drewna budowlanego, pochodzącego z czyszczenia łanów i pól oraz z zagajnika (Tanger). Wspomniany zagajnik znajdował się prawdopodobnie w okolicach Chwalęcic. Z drzewa, które się w nim znajdowało można było korzystać tak, aby go nie spustoszyć. Gmina mogła również korzystać z drewna opałowego z Hoppenbruch (chmielowe błoto) nad Kłodawką, pomiędzy Kłodawą a Chwalęcicami (były to zadrzewienia znajdujące się w dolinie Kłodawki, prawdopodobnie olchowe). Teren ten w 1589 roku został wykarczowany i zamieniony na pola i łąki.

Kłodawa od ponad 400 lat jest miejscem, w którym znajduje się siedziba administracji leśnej. Wskazuje na to fakt, że w 1589 roku mieszkał we wsi elektorski łowca Hans Puchertt, zajmujący się sprawami łowieckimi. W urzędzie mironickim zatrudniony był również ktoś w rodzaju strażnika leśnego (borowy). Są to najstarsi, znani przedstawiciele służby leśnej w Kłodawie. Nadmienić należy, że byli oni zwolnieni od płacenia dziesięciny i innych służb.

Następnym ważnym okresem w historii gospodarki leśnej na opisywanym obszarze był okres wojny 30-letniej (1618-1648). W tym czasie tereny te zostały całkowicie spustoszone. Nastąpiła również wymiana ludności porównywalna z transformacją, jaka dokonała się po II wojnie światowej. Następstwem wojny było wyludnienie, a co się z tym wiąże zaprzestanie uprawy rolniczej. Konsekwencją tego było naturalne zalesienie nieuprawianych pól, łąk i pastwisk. Spis przeprowadzony w 1658 roku ujawnia, że „czwarta część łanów chłopskich porośnięta była zagajnikiem".

W 1685 roku istniało w Kłodawie stanowisko strażnika leśnego (Heideriter), którego ranga odpowiadała późniejszemu nadleśniczemu. Strażnik pobierał od urzędu wynagrodzenie w wysokości 10 – 14 talarów oraz deputat w życie, jęczmieniu, owsie i chmielu. Oprócz strażnika zatrudniony był również gajowy (Buschlaufer). Ludzie ci sprawowali urząd leśny, który m.in. zabraniał karczowania samosiewnych drzewostanów powstałych po wojnie 30-letniej. Drzewostany te w 1700 roku mogły mieć w granicach 70 lat. Do urzędu wnoszono także skargi na szkody od zwierzyny, szkody te były „nie do opisania". Z tego okresu pochodzą pierwsze wzmianki o Królewskim Lesie (Królewskiej Puszczy), który znajdował się na północ od Kłodawy.

W 1706 roku wsie podlegające jurysdykcji urzędu mironickiego wizytowane były przez królewską komisję. Z tego roku pochodzi pierwszy zapis o siedzibach administracji leśnej w Kłodawie. Zgodnie z zaleceniami komisji jedną zagrodę przebudowano na siedzibą nadleśnictwa, a drugą na gajówkę. Jedna zagroda zajmowana była dożywotnio przez wdowę po leśniczym z Wielisławic. Chłopi w tym czasie oprócz odrabiania pańszczyzny mieli obowiązek uczestniczyć w nagonce w czasie polowań oraz zwozić drewno z lasu. Kolejny spis przeprowadzony w 1718 roku ujawnił, że we wsi mieszkali m.in.: ww. wdowa po leśniczym, nadleśniczy i gajowy. Opis gospodarki rolnej wskazywał, że pola, aż po Gorzów, nadal były porośnięte lasem (zapusty po wojnie 30-letniej), co znacznie utrudniało uprawę roli i hodowlę bydła. Stopniowo, do początku XIX wieku, zapusty były karczowane i las ustępował gospodarce rolniczej. Badania glebowo-siedliskowe wskazują, że niektóre tereny od wieków porośnięte lasem zostały wylesione pod uprawy, a następnie po pewnym okresie wprowadzono tam sztucznie las. Taka sytuacja zaistniała na części obecnych Leśnictw Rybakowo, Zdroisk, Santocko i Kłodawa. Występujące tam drzewostany to prawdopodobnie drugie pokolenie porolne.

Na początku XIX wieku istniał już w Kłodawie rewir kłodawski, a we wsi mieszkał nadleśniczy. Teren gminy objęty zaś był leśnictwem Hammelbrück. W pierwszych latach XX wieku rewir kłodawski został podzielony na dwa nadleśnictwa: Clodaw Osti Clodaw West.   

Do chwili scalenia administracji obszarów wiejskich, pod koniec lat 20-tych, każde nadleśnictwo stanowiło osobny obręb administracyjny. Wszyscy mieszkańcy zasiedlający ten obszar, niezależnie od tego czy pracowali w lesie czy nie, podlegali administracji leśnej. Ww. nadleśnictwa wraz z Nadleśnictwem Wysoka należały do Landsberger Heide, zaliczanego do okręgów dworskich.

Na terenie Nadleśnictwa Wschód leżały m.in. Łośno i Smolarki z zajazdem. Należy wspomnieć, że w Smolarkach znajdowała się gospoda Clodower Teerofen. W skład administracji leśnej Nadleśnictwa Wschód w 1945 roku wchodziło trzech leśniczych oraz kilku urzędników i pracowników leśnych, a nadleśniczym był niejaki Bohne. Siedziba znajdowała się w budynku zajmowanym obecnie przez Nadleśnictwo Kłodawa. Na czele Nadleśnictwa Zachód stał do 1945 roku Friedrich Liebrecht, administrację terenową stanowiło pięciu leśniczych. Siedziba nadleśnictwa znajdowała się w budynku obecnego Urzędu Gminy.

II wojna światowa zakończyła pewien etap w historii terenów, na których obecnie gospodaruje Nadleśnictwo Kłodawa. Nastąpiła powtórna zamiana ludności narodowości niemieckiej na polską. Za przełomową datę można uznać 30 stycznia 1945 rok, kiedy na te ziemie weszły wojska rosyjskie. Praktycznie od tego momentu rozpoczęła się akcja wysiedlania ludności niemieckiej i napływ ludności polskiej.

Po wojnie lasy, na których gospodaruje obecnie Nadleśnictwo w zasadzie nie zmieniły formy własności, nadal pozostając w rękach państwa. Lasy majątków dworskich i własności chłopskiej znajdowały się przed wojną m.in. na terenie obecnego leśnictwa Płomykowo i Zdroisk. W 1945 roku zostały one upaństwowione Dekretami P.K.W.N.

Leśnicy polscy przejęli drzewostany zagospodarowane głównie zrębami zupełnymi, gdzie panującym gatunkiem była sosna. Lite sośniny były z reguły podsiewane lub podsadzone bukiem, który tworzył drugie piętro. Drzewostany bukowe powstały w wyniku prowadzenia rębni częściowych. Nadmienić należy, że obecny podział przestrzenny Nadleśnictwa pokrywa się z podziałem wykonanym przez leśników niemieckich.

Z dwóch Nadleśnictw (Wschód i Zachód) oraz niewielkiej powierzchni lasów chłopskich (ok. 2% powierzchni) w 1945 roku powstało Nadleśnictwo Kłodawa, na czele którego stanął Nadleśniczy Józef Wołoszczuk. W 1946 roku nadleśniczym został Jan Białowąs. Zaraz po wojnie siedziba Nadleśnictwa znajdowała się w obecnym budynku Urzędu Gminy.

W okresie powojennym Nadleśnictwo przechodziło szereg zmian organizacyjnych. Natomiast w obecnym zasięgu istnieje od 1 stycznia 1996 roku na mocy zarządzenia MOŚZNiL nr 248 z dnia 13 listopada 1995 roku.